解题思路：根据题意可发现顶点处的小方块三面涂色，除顶点外位于棱上的小方块两面，涂色位于表面中心的一面涂色，而处于正中心的则没涂色；
因为有96个，所以每个面上都有96÷6=16个小正方体一面涂色，所以每个面上都是4×4的正方形面一面涂色，则每条棱长上除了顶点外，都有4个小正方体2面涂色，
所以两面涂色的小正方体一共有4×12=48（个），继而得出结论．
96÷6=16（个），
因为4×4=16，
所以每条棱长上除了顶点外，都有4个小正方体2面涂色，
所以两面涂色的小正方体一共有4×12=48（个），
答：两面涂色的有48个．
故答案为：48．
点评：
本题考点： 染色问题．
考点点评： 主要考查了长方体的组合与分割．要熟悉正方体的性质，在分割时有必要可动手操作．