解题思路：（1）根据已知边长和三角形面积求法，得出S△ADF-S△BEF=S△ABC-S△CDE求出即可；
（2）根据已知若AC=a，AD=3，利用三角形面积求法，得出S△ADF-S△BEF=S△ABC-S△CDE求出即可．
（1）∵在Rt△ABC中，∠C=90°，AC=BC，AD=BE，若AC=6，AD=4，
∴EC=6+4=10，CD=6-4=2，AC=BC=6，
∴S△ADF-S△BEF=S△ABC-S△CDE=[1/2]×6×6-[1/2]×2×10=8，
故答案为：8；
（2）∵在Rt△ABC中，∠C=90°，AC=BC，AD=BE，若AC=a，AD=3，
∴EC=a+3，CD=a-3，AC=BC=a，
∴S△ADF-S△BEF=S△ABC-S△CDE=[1/2]×a×a-[1/2]×（a-3）×（a+3）=[9/2]．
故答案为：[9/2]．
点评：
本题考点： 三角形的面积；整式的混合运算．
考点点评： 此题主要考查了三角形面积求法，根据已知得出三角形边长以及S△ADF-S△BEF=S△ABC-S△CDE是解题关键．