解题思路：DNA主要分布在细胞核内，RNA大部分存在于细胞质中．甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，甲基绿使DNA呈现绿色，吡罗红使RNA呈现红色．利用甲基绿、吡罗红混合染色剂将细胞染色，可显示DNA和RNA在细胞中的分布．
A、利用甲基绿、吡罗红混合染色剂将细胞染色后可观察到细胞核绿色，细胞质呈红色，A错误；
B、苏丹Ⅲ染液可以将脂肪染成橘黄色，B正确；
C、蛋白质与双缩脲试剂发生作用呈现紫色，C正确；
D、健那绿染液是专一性染线粒体的活细胞染料，可以使活细胞中的线粒体呈现蓝绿色，而细胞质接近无色，D正确．
故选：A．
点评：
本题考点： DNA、RNA在细胞中的分布实验；检测蛋白质的实验；检测脂肪的实验；细胞器中其他器官的主要功能．
考点点评： 本题考查细胞中化合物和结构染色，解题关键是识记试剂选择和呈现的颜色反应．