（1）、 二氧化碳 清水
（2）、 植物呼吸作用 黑色
（3）、 塑料薄膜应只罩住植物，不应罩住花盆。
分析：绿色植物通过叶绿体，利用光能，把二氧化碳和水转化成储存能量的有机物，并且释放出氧气的过程，叫做光合作用；细胞利用氧，将有机物分解成二氧化碳和水，并且将储存在有机物中的能量释放出来，供给生命活动的需要的过程叫做呼吸作用；水分以气体状态通过叶片表皮上的气孔从植物体内散失到植物体外的过程叫做蒸腾作用．
（1）用A装置来验证植物的光合作用需要二氧化碳，需要以二氧化碳为变量设置一组对照实验，即对照组装置中的烧杯里放清水．
（2）为了使B装置的实验现象更加明显，B装置的塑料袋应用黑色的，以免光线透入使植物进行光合作用而影响实验效果．
（3）C装置常用来验证植物的蒸腾作用散失水分，但该装置的设计有一个问题，即塑料袋连同花盆一起罩住了，这样，塑料袋内壁上凝结的水珠就不能排除花盆土壤中水分的蒸发．因此
塑料薄膜应只罩住植物，不应连花盆一起罩住．
故答案为：（1）二氧化碳；清水 （2）呼吸作用；黑色
（3）塑料薄膜应只罩住植物，不应连花盆一起罩住．