解题思路：放射性同位素标记法在生物学中是一种重要的研究手段，在生物课本中：分泌蛋白的形成过程、光合作用中水的来源和二氧化碳的转移途径、噬菌体侵染细菌实验、DNA分子的半保留复制等均利用了该手段．
A、核苷酸是组成核酸的原料，用标记的核苷酸能追踪核酸的变化，比如DNA的半保留复制等，A正确；
B、在有氧呼吸的第一阶段，葡萄糖酵解为两分子丙酮酸，同时释放4分子[H]，4[H]在第三阶段与氧结合形成水，所以水中当有3H，B正确；
C、用放射性同位素标记氨基酸可用于分泌蛋白的研究，标记核苷酸可用于基因诊断的研究，C正确；
D、若用同时含有32P与35S的噬菌体侵染大肠杆菌，那么无论是上清液还是沉淀物中都有放射性，就无法得出结论，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 噬菌体侵染细菌实验；细胞器之间的协调配合；有氧呼吸的过程和意义；DNA分子的复制．
考点点评： 本题考查放射性同位素标记法的相关实验及其应用，意在考查同学们运用所学知识与观点，对某些生物学问题进行解释、推理，做出合理的判断或得出正确的结论的能力．