解题思路：分析题图可知，本题是蛋白质、核酸的元素组成，蛋白质、核酸的关系和蛋白质的功能题目，先分析题图，A具有多样性，从功能上判断A是蛋白质，C控制A的合成，C是核酸，小分子a是氨基酸，小分子c1是核苷酸，然后结合选项分析解答．
A、蛋白质的元素组成是C、H、N、O等，核酸的元素组成是C、H、N、O、P，所以X是N元素，Y是N、P元素，A正确；
B、由题图可知，过程①、②分别是由氨基酸形成蛋白质和核苷酸形成核酸的过程中，有水的产生，B正确；
C、由题图可知，C1是DNA，蛋白质结构和功能的多样性的根本原因是DNA分子中遗传信息的多样性，C正确；
D、分析题图可知，③是转录过程主要发生在细胞核中，④是翻译过程发生在核糖体上，D错误；．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质分子结构多样性的原因；核酸的基本组成单位；遗传信息的转录和翻译．
考点点评： 本题是蛋白质、核酸的元素组成和功能的应用，解题时要先以A的功能作为突破口，依次推断出各物质的名称，通过和DNA的转录和翻译过程的综合理用理解蛋白质多样性的根本原因．