解题思路：解答本题着重要识记各选项中相关生理变化在人体细胞中发生的场所．CO2的生成发生在有氧呼吸和酒精发酵过程中，而人体只能进行乳酸发酵；ATP的产生场所有细胞质基质、线粒体和叶绿体，人体细胞没有叶绿体；mRNA的合成就是转录过程，发生在细胞核和线粒体、叶绿体中；氨基酸脱水缩合后产生肽键．
A、人体细胞内CO2的生成只在有氧呼吸第二阶段，而该阶段发生在线粒体基质中，故A正确；
B、在人体细胞中，ATP的生成发生在有氧呼吸的三个阶段和无氧呼吸过程，而有氧呼吸的第一阶段和无氧呼吸均发生在细胞质基质中，故B错误；
C、mRNA的合成发生在转录阶段，转录主要发生在细胞核中，故C错误；
D、肽键的生成发生在蛋白质合成过程中，而蛋白质合成发生在核糖体上，故D正确．
故选AD．
点评：
本题考点： 细胞器中其他器官的主要功能；细胞呼吸的过程和意义．
考点点评： 本题考查了细胞器的功能等相关知识，意在考查考生的审题能力、识记并理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．