有专门的手性色谱柱可以分离.手性色谱柱是由具有光学活性的单体,固定在硅胶或其它聚合物上制成手性固定相通过引入手性环境使对映异构体间呈现物理特征的差异,从而达到光学异构体拆分的目的.这种相互作用包括氢键、偶极-偶极作用、π-π作用、静电作用、疏水作用或空间作用.手性分离效果是多种相互作用共同作用的结果.
据固定相的化学结构,将手性色谱柱分为以下几种：刷（Brush）型（或称为Prikle型）、纤维素（Cellulose）型、环糊精（Cyclodextrin）型、大环抗生素（Macrocyclic antibiotics）型、蛋白质（Protein）型、配位交换（|Ligand exchange）型、冠醚型（Crown ethers）.