解题思路：观察DNA和RNA在细胞中分布实验的原理：甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，甲基绿对DNA的亲和力强，能将DNA染成绿色，而吡罗红对RNA的亲和力强，能将RNA染成红色．利用甲基绿和吡罗红混合染色剂对细胞染色，同时显示DNA和RNA在细胞中的分布，观察的结果是细胞核呈绿色，细胞质呈红色，说明DNA主要分布在细胞核，RNA主要分布在细胞质．
A、该实验的原理是甲基绿和吡罗红两种染色剂对DNA和RNA的亲和力不同，甲基绿对DNA的亲和力强，能将DNA染成绿色，而吡罗红对RNA的亲和力强，能将RNA染成红色，A正确；
B、甲基绿能将DNA染成绿色，吡罗红能将RNA染成红色，B错误；
C、盐酸的作用是改变细胞膜的通透性，加速染色剂进入细胞，将染色体上的DNA和蛋白质分离，便于染色剂与DNA结合，但不能水解DNA，C错误；
D、该实验结论：DNA主要分布在细胞核中，RNA主要分布在细胞质中，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： DNA、RNA在细胞中的分布实验．
考点点评： 本题考查DNA、RNA在细胞中的分布实验，对于此类试题，需要考生注意的细节较多，如实验的原理、实验选择的材料、实验采用的试剂及试剂的作用，实验现象及实验结论等，需要考生在平时的学习生活中注意积累．