解题思路：生态工程中的生态农业是建立在物质循环再生与物种多样性原理基础上的农业，体现了生态效益、经济效益的整体效应．系统的总能量包括各生产环节上输出的产品能量，这个系统总能量利用率与单种作物的系统总能量利用率相比大大增加．生态系统能使物质得到分层和多级利用，同时提高了能量的利用率．
（1）生态工程中的生态农业是建立在物质循环再生、物种多样性和整体性等原理基础上的，在实现经济效益的同时，也取得了良好的生态效益和社会效益．
（2）该系统工程的核心之一是沼气池，沼气生产过程中的物质循环如图：
（3）物质循环的特点是循环往复、分层分级利用，从而达到取之不尽、用之不竭，即物质循环再生原理．如果把“无机物→农田”这一环节去掉，势必会造成物质循环受到破坏，土壤无机物得不到及时补充，土壤肥力会下降等．
（4）能量沿着食物链流动时，传递效率大约为10%～20%，因此最高营养级获得的总能量最低．但系统的总能量包括各生产环节上输出的产品能量，显然这个系统总能量利用率与单种作物的系统总能量利用率相比大大增加．
故答案为：
（1）物质循环再生、协调与平衡和整体性原理/系统的结构决定系统的功能/物种多样性原理
（2）
（3）土壤贫瘠，农作物产量下降
（4）C
点评：
本题考点： 生态农业工程．
考点点评： 本题以南京古泉生态农场是生态农业为素材，结合生态农场的结构图，考查生态农业工程，要求考生识记生态工程的原理，能根据生态农业结构图，判断该生态农业所遵循的原理；能画出简单的物质循环图，同时理论联系实际，对生态工程问题作出合理的解释．