A、由于在有氧条件下无氧呼吸受抑制，因此无氧条件下细胞呼吸较低氧条件下旺盛；零下低温，虽然细胞呼吸速率很低，但温度过低水果容易被冻坏，因此无氧和零下低温均不利于水果保鲜，A错误；
B、C6H12O6不能直接在线粒体中分解成CO2，葡萄糖首先要在细胞质基质中酵解成丙酮酸，丙酮酸进入线粒体分解成二氧化碳，B错误；
C、夏季连续阴天，光照强度减弱，光合作用合成的有机物减少，夏季的气温较高，细胞呼吸作用较强，细胞呼吸分解的有机物较多，不利于植物生长，所以大棚中白天适当增加光照，提高光合作用强度，夜晚适当降低温度，降低细胞呼吸强度从而增加净光合作用强度，可提高作物产量，C正确；
D、ATP是物质不是能量，ATP中含有能量，因此细胞呼吸过程中化学能转变为热能和储存在ATP中的化学能，D错误．
故选：C．