解题思路：基因工程的原理是基因重组．单倍体育种的过程（1）采用花药离体培养得到单倍体植株；（2）人工诱导染色体数目加倍（常用秋水仙素或低温诱导，以抑制纺锤体的形成）．自然选择等定向改造生物的遗传性状．
A、袁隆平杂交水稻属于基因重组，并没有改变种群的基因频率，A错误；
B、四倍体西瓜与二倍体西瓜杂交所产生的三倍体西瓜是无籽的，该无籽西瓜不可育，这说明四倍体西瓜与二倍体西瓜之间产生了生殖隔离机制，因此分属于两个物种，B正确；
C、基因工程的原理是基因重组，C正确；
D、人工选择，与自然选择相比，必然会导致作物品种进化方向发生改变，D正确．
故答：A
点评：
本题考点： 生物进化与生物多样性的形成；杂交育种．
考点点评： 本题综合考查了育种、进化与生物多样性等的相关知识点，关于进化与生物多样性的关系的理解要侧重了解现代生物进化理论的内容，然后再与生物多样性进行有机的联系．