解题思路：分析题图：图1为某蛋白质的肽链结构示意图（其中数字表示氨基酸序号），图2为部分肽链放大示意图，其中①表示氨基酸（-NH2），②④⑥⑧表示R基（依次是-CH2-NH2、-CH3、-CH2-COOH、-CO-COOH）；③⑤⑦表示肽键（-CO-NH-）；⑨为肽键的一部分．
A、图1所示蛋白质含124个氨基酸，1条肽链，因此脱去的水分子数为124-1=123，同时形成3个-S-S-时脱去6个H，因此该蛋白质的相对分子质量为124×128-123×18-6=13652，A正确；
B、图2中含有的R基是②④⑥⑧，肽键有③⑤⑦三个，B错误；
C、图2所示结构的R基中有1个游离的氨基和2个游离的羧基，因此该肽链至少有2个游离的氨基和3个游离的羧基，C错误；
D、高温使蛋白质变性，主要是因为破坏了蛋白质的空间结构，没有破坏肽键（③⑤⑦），D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题结合化合物图解，考查蛋白质的合成--氨基酸脱水缩合，要求考生识记氨基酸脱水缩合的过程，掌握该过程中的相关计算，能结合图中信息，运用其延伸规律进行答题，属于考纲理解和应用层次的考查．