解题思路：制作果醋的菌种是醋酸杆菌，是好氧菌，需要一直通气；平板划线法是用于分离菌落的，稀释涂布平板法是用于计数的；凝胶色谱法分离血红蛋白时，首先收集到的物质的分子量较血红蛋白大；稀释涂布平板法测定土壤浸出液中活菌数目时，测定值可能比实际值小．
A、制作果醋的菌种是醋酸杆菌，是好氧菌，需要一直通气，A错误；
B、平板划线法是用于分离菌落的，稀释涂布平板法是用于计数的，B错误；
C、凝胶色谱法分离血红蛋白时，首先收集到的物质的分子量较血红蛋白大，C错误；
D、稀释涂布平板法测定土壤浸出液中活菌数目时，测定值可能比实际值小，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 测定某种微生物的数量；微生物的分离和培养；酒酵母制酒及乙酸菌由酒制醋；蛋白质的提取和分离．
考点点评： 本题考查生物实验的相关知识，意在考查考生理解所学知识的要点，把握知识间的内在联系的能力．