霉菌的繁殖方式有营养繁殖、无性繁殖和有性繁殖三种.
(1)营养繁殖.由菌丝中间个别细胞膨大形成的休眠孢子,其原生质浓缩,细胞壁加厚,可抵抗高温与干燥等不良环境条件.待环境条件适宜时,萌发成菌丝体,如毛霉属中的总状毛霉（Mucor recemosus）.
(2)无性繁殖.主要产生节孢子、分生孢子和孢囊孢子.
①节孢子.由菌丝断裂形成.如白地霉（Geotrichum Can-didum）.
②分生孢子.在菌丝顶端或分生孢子梗上,以类似出芽的方式形成单个或成簇的孢子.青霉（Penicillium）、曲霉（Aspergi-llus）、木霉（Trichoderma）和交链孢霉（Alternaria）等大多数毒菌均靠分生孢子繁殖.
③孢囊孢子.由气生菌丝或孢囊梗顶端膨大,并在下方生出横隔与菌丝分开形成孢子囊,在孢子囊内形成孢子.产生孢囊孢子的霉菌均属藻菌纲.
(3)有性繁殖.主要产生卵孢子、接合孢子和子囊孢子.
①卵孢子.菌丝分化成卵囊和精囊,由精子和卵配合形成了卵孢子.
②接合孢子.由两个相邻菌丝上的配子囊接合而成,如毛霉目（Mucorales）.
③子囊孢子.子囊菌纲的霉菌经有性配合后,形成子囊,在子囊内产生孢子.
霉菌的有性繁殖不象无性繁殖那样经常与普通,多发生于特定条件下,在一般培养基上不常出现.