解题思路：使用高倍镜观察叶绿体和线粒体的形态分布，叶绿体的辨认依据：叶绿体是绿色的，呈扁平的椭圆球形或球形．观察叶绿体时选用：藓类的叶、黑藻的叶．取这些材料的原因是：叶子薄而小，叶绿体清楚，可取整个小叶直接制片，所以作为实验的首选材料．
A、利用电子显微镜可以看到细胞的亚显微镜结构叶绿体的结构有两层膜，A错误；
B、黑藻的叶绿体是绿色的，呈扁平的椭圆球形或球形，B错误；
C、利用电子显微镜可以看到细胞的亚显微镜结构叶绿体的内部有许多基粒，C错误；
D、黑藻的叶绿体是绿色的，呈扁平的椭圆球形或球形，D．
故选：D．
点评：
本题考点： 观察线粒体和叶绿体．
考点点评： 本题属于基础题，要充分利用所学知识，利用排除法灵活处理问题．