解题思路：根据元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，决定元素种类的是质子数（即核电荷数），据此进行分析解答．
元素是质子数（即核电荷数）相同的一类原子的总称，决定元素种类的是质子数（即核电荷数），不同种元素的原子最本质的区别是质子数（即核电荷数）不同．
A、把众多原子划分为不同种元素的依据是质子数（即核电荷数）不同，而不是原子的质量大小不同，故选项错误．
B、把众多原子划分为不同种元素的依据是质子数（即核电荷数）不同，而不是核外电子数不同，故选项错误．
C、把众多原子划分为不同种元素的依据是质子数（即核电荷数）不同，而不是核内中子数不同，故选项错误．
D、把众多原子划分为不同种元素的依据是质子数（即核电荷数）不同，故选项正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 元素的概念．
考点点评： 本题难度不大，考查学生对元素的概念的理解和不同种元素之间的本质区别是质子数不同进行解题的能力．