解题思路：把成对的基因拆开，一对一对的考虑，不同对的基因之间用乘法，即根据分离定律来解自由组合的题目，是解题的关键．
基因型分别AaBbcc和aaBbCC的两个亲本进行杂交，在三对等位基因各自独立遗传的条件下，其子代表现型可以把成对的基因拆开，一对一对的考虑：
Aa×aa，其后代显性性状（A_）[1/2]，隐性性状（aa）[1/2]；Bb×Bb，其后代显性性状（B_）[3/4]，隐性性状（bb）[1/4]；cc×Cc，其后代显性性状（C_）[1/2]，隐性性状（cc）[1/2]．所以子代中表现型和亲本AaBbcc和aaBbCc相同的占[1/2]×[3/4]×[1/2]+[1/2]×[3/4]×[1/2]=[3/8]，所以其子代表现型不同于两个亲本的个数占全部子代的1-[3/8]=[5/8]．
故选：A．
点评：
本题考点： 基因的自由组合规律的实质及应用
考点点评： 本题考查基因自由组合定律及应用，意在考查考生理解所学知识要点，把握知识间内在联系的能力；能用文字及数学方式等多种表达形式准确地描述生物学方面的内容的能力和计算能力．