1874年,赫克尔发表了包含自己的进化论思想的重要著作：《人类的进化》,该书出版后,在世界范围的科学界赢得了极高的声誉.查理·达尔文曾说：假如赫克尔的这本书早点出来的话,他就没有必要去写《物种的起源》一书了. 该书共分为四个部分,分别是：（1）人类的科学；(2)人类的胚胎发育；（3）人类的树状系谱；（4）各种器官的进化,并对人类的进化进行了生动有趣的说明. 在回顾了胚胎学和进化论的历史发展的基础上,赫克尔对17世纪以来的人类科学成就做出了肯定,进一步提出了“生物发生律”. 作者进一步指出：“进化论”是生物学的重大规律.他从古生物学化石、比较解剖学中动物形态的分类,以及胚胎学中高等有机胚胎的发育过程等多个层面出发,阐述了生物进化和人类发生的历史. 赫克尔从动物最早的祖先单细胞动物着手分析,明确了由低级动物变形虫、团藻、原肠动物、蠕形动物、两栖动物、爬行动物、哺乳动物到低级猿猴、类人猿以至人类的一步步演变过程.并从动物胚胎由没有任何器官的“卵”开始,逐渐生出囊胚、胚口、胚层、腔和腮囊、膜质管、软骨、神经索以至四肢的过程,来说明人类的起源和发生的经过. 最后,赫克尔详述了动物器官的进化.用生物的科学事实说明神经、耳、腺、毛发、脑、胃、骨骼的形成,来说明低级动物到高级动物、无脊椎动物到脊椎动物的自热发展过程,系统的阐述另外人类进化的学说.