解题思路：1、生物进化的实质是种群基因频率的改变，自然选择通过定向的改变基因频率而决定生物进化的方向；
2、新物种形成的标志是产生生殖隔离，长期地理隔离，使不同种群之间不能进行基因交流，会使同种群的基因库发生显著差异，进而有可能产生生殖隔离而形成新物种．
A、基因频率改变标志着生物发生了进化，不是新物种形成的标志，A错误；
B、生物进化的方向是由自然选择决定的，B错误；
C、基因频率的改变与突变、选择、迁入和迁出、遗传漂变等有关，C错误；
D、长期地理隔离，使不同种群之间不能进行基因交流，会使同种群的基因库发生显著差异，D正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 基因频率的变化；物种的概念与形成．
考点点评： 对于现代生物进化理论内容的理解，把握知识点间的内在联系是解题的关键．