解题思路：本题是对可遗传变异的类型、基因突变的特征、染色体变异、单倍体育种过程的综合性考查，回忆可遗传变异的类型、基因突变的特征、染色体变异、单倍体育种过程，然后分析选项进行解答．
A、三倍体无子无子西瓜的原理是染色体变异，是可以遗传的变异，由于三倍体无子西瓜高度不育，不属于一个新物种，．用一定浓度的生长素处理未授粉的四倍体西瓜幼苗，可获无子西瓜，原理是生长素能促进子房发育成果实，遗传物质没有发生变化，A正确；
B、一块水稻田中偶尔发现一株矮秆水稻，它连续自交后代都是矮秆，说明这种变异是可遗传变异，种变异可能源自于体细胞或生殖细胞的基因突变，B正确；
C、染色体由DNA和蛋白质组成，DNA是遗传物质，因此染色体结构变异和基因突变的实质都是DNA中碱基对排列顺序的改变．即遗传信息的改变，但是基因不一定位于染色体上，C错误；
D、基因型为AaBbCC的植物是二倍体，其花粉离体培养获得n株幼苗都是单倍体，不可能是aabbCC，D正确．
故选：C．
点评：
本题考点： 基因突变的特征；染色体结构变异和数目变异．
考点点评： 对可遗传变异的类型、基因突变的特征、染色体变异、单倍体育种过程的综合性理解应用，把握知识点间的内在联系是解题的关键．