解题思路：经过精子与卵细胞两性生殖细胞结合的生殖方式叫有性生殖；不经过两性生殖细胞结合的生殖方式，属于无性生殖．
A、水稻种子中有胚，是受精卵发育来的，属于有性生殖；胡萝卜块根的组织培养不需要两性生殖细胞的组合，属于无性生殖．A错误；
B、棉花的种子和大白菜的菜籽中都有胚，都是由受精卵发育来的，属于有性生殖．B正确；
C、柳树的枝条扦插和红薯的块根系列是用植物的营养器官来繁殖后代，属于无性生殖．C错误；
D、将菊芋的根埋在泥土中长出新的菊芋植株，是用植物的营养器官来繁殖后代，属于无性生殖．D错误．
故选：B
点评：
本题考点： 有性生殖与无性生殖的区别及应用．
考点点评： 回答此题的关键是明确有性生殖和无性生殖的不同．