解题思路：本题考查综合运用知识的能力，我们从微生物的营养方式和结构与功能出发解决问题．其中硝化细菌、大肠杆菌以及蓝藻属于原核生物，酵母菌属于真核生物．
解；A、硝化细菌不能进行光合作用，但可通过化能合成作用将氨等物质氧化为硝酸盐和亚硝酸盐，利用该过程释放的能量合成自身的有机物，为自养生物，A正确；
B、蓝藻是原核生物，没有叶绿体，但是细胞内含有藻蓝素和叶绿素，可以进行光合作用，在生态系统中属于生产者，B正确；
C、酵母菌的代谢类型为兼性厌氧，有氧呼吸产物为水和二氧化碳，无氧呼吸产物为酒精和二氧化碳，都可以通过自由扩散运出细胞，C正确；
D、大肠杆菌为原核生物，没有核膜，转录和翻译同时在细胞质中进行，D不正确．
故选：D．
点评：
本题考点： 原核细胞和真核细胞的形态和结构的异同；物质跨膜运输的方式及其异同．
考点点评： 本题综合考查不同微生物的代谢类型、物质进出细胞的方式、基因的表达等内容，考查学生对基础知识的理解和掌握，难度不大．