解题思路：1、基因突变是DNA分子中发生碱基对的替换、增添和缺失而引起基因结构的改变．
2、DNA分子的多样性主要表现为构成DNA分子的碱基种类、数量和排列顺序千变万化．
A、基因突变不改变花色基因中的碱基组成，基因均含有A、T、C、G四种碱基，A错误；
B、基因突变是碱基对的替换、增添和缺失，其结果是产生新的等位基因，它们的差别在于碱基序列的不同，B正确；
C、基因突变不会改变细胞中DNA分子的数目，C错误；
D、细胞中的RNA含量与细胞蛋白质合成功能强弱有关，D错误．
故选：A．
点评：
本题考点： DNA分子的多样性和特异性．
考点点评： 本题考查基因突变，DNA多样性的原因，意在考查学生分析问题和解决问题的能力，属于中档题．