解题思路：分析图形可知，图1中蛋白质有2条肽链，一条肽链有21个氨基酸，另一个肽链有30个氨基酸，两条肽链由二硫键连接．图2肽链中有3个肽键，可判断为四肽．
A、分析图形可知，图1中蛋白质有2条肽链，一条肽链有21个氨基酸，另一条肽链有30个氨基酸，共由51个氨基酸组成，所以肽键数=氨基酸数-肽链数=51-2=49，A正确；
B、由图1可知两条肽链在不考虑R基团的情况下至少含有两个游离的羧基，又因为图2部分肽链放大图中的R基团上有两个羧基，所以可推知该蛋白质至少含有4个游离的羧基，B正确；
C、由题意已知该咖啡肽由51个氨基酸组成，而氨基酸是由mRNA上的密码子决定的，每个密码子由3个相邻的碱基构成，所以决定该蛋白质合成的mRNA中至少含有51×3=153个碱基，C正确；
D、由题意已知该咖啡肽由2两条肽链，51个氨基酸组成，两条肽链由二硫键连接，图中共有3个二硫键．若氨基酸的平均相对分子质量为a，则蛋白质的相对分子质量为51个氨基酸的分子总量-脱去的水的分子量-形成二硫键脱去的氢气的分子量=51a-（51-2）×18-3×2=51a-49×18-6，D错误．
故选：D．
点评：
本题考点： 蛋白质的合成——氨基酸脱水缩合．
考点点评： 本题主要考查蛋白质的合成--氨基酸的脱水缩合，意在考查学生利用所学知识，分析图形、获取信息、综合运用的能力．